Package index • aspe

All functions

data_dictionnaire: Signification des champs de la base Aspe

data_liste_rouge: Données sur le statut liste rouge des espèces de poissons

data_passerelle_taxo: Table de passage entre les identifiants des espèces

data_protection_especes: Données sur la protection réglementaire des espèces (poissons et écrevisses)

data_taille_poids: Relations taille - poids

data_traits_bio: Données sommaires sur les espèces de poissons

def_attribut_id(): Définir les attributs des prélèvements

classe_ipr lot_poissons mesure_individuelle operation operation_description_peche operation_donnees_environnementales operation_ipr operation_objectif point_prelevement prelevement_elementaire ref_espece ref_logique_3 ref_logique_4 ref_moyen_prospection ref_objectif ref_protocole ref_type_longueur ref_type_lot ref_type_prelevement_elementaire ref_type_projection station: Extrait de la base Aspe utilisé pour les tests des fonctions et pour les vignettes

expl_commentaires_champs(): Obtenir les commentaires qui donnent la signification des champs des tables

expl_lister_champs(): Lister les champs contenus dans les différents dataframes d'un fichier .RData

expl_trouver_table(): Rechercher les dataframes dont le nom contient un pattern

expl_trouver_variable(): Rechercher les variables dont le nom contient un pattern

export_tables_csv(): Exporter tous les dataframes de l'environnement en csv

export_tables_rdata(): Exporter les dataframes au format .RData

geo_aggr_richesse(): Aggréger les richesses par entité hydrographique

geo_ajouter_crs(): Ajouter le code EPSG du CRS à un dataframe

geo_attribuer(): Rajouter à l'objet sf des points de prélèvement les départements et (ou) les bassins auxquels ils appartiennent.

geo_convertir_coords_df(): Extraire des coordonnées homogénéisées à partir d'un dataframe contenant des coordonnées en différents CRS

gg_ajouter_arriere_plan_int(): Ajouter un arrière plan de classes à un ggplot

gg_colo_ext_pops(): Produire le graphique de la dynamique du peuplement pour chacun des points de prélèvement du dataframe

gg_density_env_esp(): Produire le graphique des distributions comparées des paramètres environnementaux entre les sites de présence et d'absence d'une espèce.

gg_dyn_esp(): Produire un graphique de synthèse de la dynamique d'une population sur une localité

gg_gerer_seuils_classes_ipr_int(): Gérer les limites de classes d'indices sur classe_ipr

gg_histo_longueur(): Produire l'histogramme de distribution des longueurs individuelles pour une opération de pêche

gg_temp_abondance(): Graphique de la série chronologique des abondances ou densités par espèce

gg_temp_env(): Produire le graphique de l'évolution temporelle de facteurs environnementaux moyens comparés entre les sites de présence et d'absence des espèces

gg_temp_indic_div(): Graphique de la série chronologique de métriques de diversité à l'échelle du peuplement sur une station ou un groupe de stations

gg_temp_ipr(): Graphique de la série chronologique des IPR

gg_temp_ipr_pc_bon(): Produire un graphique du pourcentage de stations en bon état au plan IPR sur un jeu de stations, en fonction de l'année

gg_temp_metriq(): Graphique de la série chronologique des IPR

gg_temp_metriq_grille(): Graphique de la série chronologique des métriques IPR sur une station ou un groupe de stations

gg_temp_peuplement(): Graphique pour représenter l'évolution des effectifs de taxons au cours du temps

imp_corres_aspe_taxref(): Importer une table de correspondance entre les codes espèces 3 lettres Aspe et leurs codes Taxref

imp_extraire_date_fichier(): Obtenir la date du dump SQL de la base Aspe

imp_extraire_noms_tables(): Extraire les noms des tables à partir des lignes du dump

imp_extraire_noms_tables2(): Extraire les noms des tables à partir des lignes du dump

imp_importer_dump_sql(): Importer le dump SQL de la base Aspe

imp_scinder_dump(): Scinder le dump en deux parties pour les traiter séparément et éviter de saturer la mémoire vive

imp_tables_a_partir_des_lignes(): Importer des tables à partir des lignes du dump de la base Aspe

imp_trouver_index_fin(): Trouver la ligne de fin qui correspond à une table désignée par sa ligne de début

ip_completer_classes_couleur(): Ajouter les codes couleurs aux classes IPR

ipr_formater_pour_macro(): Mettre les données nécessaires au calcul de l'IPR au format requis en entrée de la macro Excel de calcul de l'indice

ipr_pivoter_1colonne_par_an(): Convertir une table des IPR du format long au format large

ipr_renommer_pour_macro(): Sélectionner et nommer les colonnes au format requis en entrée de la macro Excel de calcul de l'indice

mef_ajouter_abs(): Ajouter à un dataframe de présences les lignes des absences (avec effectif et densité nuls)

mef_ajouter_ambiance(): Ajouter à la passerelle, quand le prélèvement élémentaire est une ambiance, ses données

mef_ajouter_dept(): Ajouter à la passerelle les numéros de départements.

mef_ajouter_esp(): Ajouter à un dataframe le code espèce à 3 lettres, son nom commun et scientifique

mef_ajouter_groupe_points(): Ajouter à la passerelle, quand le prélèvement élémentaire est un groupe de points, ses données

mef_ajouter_intervenants(): Ajouter à la passerelle les intervenants sur les opérations Ces intervenants sont l'opérateur, le commanditaire et le valideur

mef_ajouter_ipr(): Ajouter les notes IPR à une table passerelle

mef_ajouter_libelle() deprecated: Rajouter le libellé du site

mef_ajouter_libelle_site(): Rajouter le libellé du site

mef_ajouter_lots(): Ajouter les lots de poissons capturés à la passerelle

mef_ajouter_mei(): Ajouter les mesures individuelles à la passerelle

mef_ajouter_metriques(): Ajouter à une passerelle les métriques IPR observées, théoriques et leur contribution à l'indice IPR agrégé

mef_ajouter_moyen_prospection(): Ajouter à la passerelle le moyen de prospection

mef_ajouter_objectif(): Ajouter à la passerelle l'objectif de l'opération

mef_ajouter_ope_date(): Rajouter à la passerelle la date et l'année de chaque opération.

mef_ajouter_ope_desc_peche(): Rajouter à la passerelle les variables de description de la pêche pour chaque opération (quand disponible).

mef_ajouter_ope_env(): Rajouter les variables environnementales pour chaque opération à la passerelle (quand disponible)

mef_ajouter_passage(): Ajouter à la passerelle, quand le prélèvement élémentaire est un passage, le numéro de passage

mef_ajouter_proba_presence_ipr(): Ajouter à un dataframe les probabilités de présence des taxons IPR

mef_ajouter_qualification(): Ajouter à la passerelle la qualification de la donnée

mef_ajouter_stats_taille(): Ajouter les tailles (longueurs) mini, maxi, médiane et moyenne pour chaque espèce à chaque opération

mef_ajouter_surf_calc(): Rajouter la superficie échantillonnée calculée pour chaque opération à la passerelle

mef_ajouter_type_longueur(): Ajouter le type de longueur à la passerelle

mef_ajouter_type_lot(): Ajouter le type de lot à la passerelle

mef_ajouter_type_materiel(): Ajouter à la passerelle le type de matériel employé

mef_ajouter_type_prelevement(): Ajouter à la passerelle le type de prélèvement élémentaire

mef_ajouter_type_protocole(): Ajouter le type de protocole à la passerelle

mef_ajouter_utilisateurs(): Ajouter à la passerelle les utilisateurs sur les opérations

mef_ajouter_validation(): Ajouter à la passerelle l'a qualification de a donnée'état d'avancement de la saisie

mef_colo_ext_pops(): Formater le tableau des captures sur un ensemble de points

mef_compter_pres_abs_env(): Dénombrer le nb d'opérations avec chaque paramètre environnemental renseigné pour chacune des espèces

mef_creer_passerelle(): Création d'un tableau "passerelle"

mef_filtrer_id(): Filtrer les prélèvements

mef_filtrer_nb_mini_annees(): Filtrer un dataframe pour ne conserver que les objets présents un nombre minimum d'années

mef_filtrer_ope_id(): Filtrer les opérations de pêche

mef_ipr_radar(): Mettre un dataframe au format pour ls graphiques en radar.

mef_pivoter_var_env(): Pivoter le dataframe pour regrouper les variables environnementales sur 2 colonnes

mef_recoder_esp_code_alt(): Recodage des codes taxons 'esp_code_alternatif'

mef_ssech_abs(): Sous-échantillonner parmi les absences

mef_ssech_esp_env(): Sous-échantillonner le df environnement et occurrences

misc_charger_donnees_test(): Charger un extrait de la base Aspe qui permet d'effectuer des tests

misc_derniere_date(): Obtenir la date maxi saisie dans la base Aspe

misc_nom_dernier_fichier(): Obtenir le nom du plus récent des fichiers