Package index • aspe

All functions
`data_dictionnaire`	Signification des champs de la base Aspe
`data_liste_rouge`	Données sur le statut liste rouge des espèces de poissons
`data_passerelle_taxo`	Table de passage entre les identifiants des espèces
`data_protection_especes`	Données sur la protection réglementaire des espèces (poissons et écrevisses)
`data_taille_poids`	Relations taille - poids
`data_traits_bio`	Données sommaires sur les espèces de poissons
`def_attribut_id()`	Définir les attributs des prélèvements
`classe_ipr` `lot_poissons` `mesure_individuelle` `operation` `operation_description_peche` `operation_donnees_environnementales` `operation_ipr` `operation_objectif` `point_prelevement` `prelevement_elementaire` `ref_espece` `ref_logique_3` `ref_logique_4` `ref_moyen_prospection` `ref_objectif` `ref_protocole` `ref_type_longueur` `ref_type_lot` `ref_type_prelevement_elementaire` `ref_type_projection` `station`	Extrait de la base Aspe utilisé pour les tests des fonctions et pour les vignettes
`expl_commentaires_champs()`	Obtenir les commentaires qui donnent la signification des champs des tables
`expl_lister_champs()`	Lister les champs contenus dans les différents dataframes d'un fichier .RData
`expl_trouver_table()`	Rechercher les dataframes dont le nom contient un pattern
`expl_trouver_variable()`	Rechercher les variables dont le nom contient un pattern
`export_tables_csv()`	Exporter tous les dataframes de l'environnement en csv
`export_tables_rdata()`	Exporter les dataframes au format .RData
`geo_aggr_richesse()`	Aggréger les richesses par entité hydrographique
`geo_ajouter_crs()`	Ajouter le code EPSG du CRS à un dataframe
`geo_attribuer()`	Rajouter à l'objet sf des points de prélèvement les départements et (ou) les bassins auxquels ils appartiennent.
`geo_convertir_coords_df()`	Extraire des coordonnées homogénéisées à partir d'un dataframe contenant des coordonnées en différents CRS
`gg_ajouter_arriere_plan_int()`	Ajouter un arrière plan de classes à un ggplot
`gg_colo_ext_pops()`	Produire le graphique de la dynamique du peuplement pour chacun des points de prélèvement du dataframe
`gg_density_env_esp()`	Produire le graphique des distributions comparées des paramètres environnementaux entre les sites de présence et d'absence d'une espèce.
`gg_dyn_esp()`	Produire un graphique de synthèse de la dynamique d'une population sur une localité
`gg_gerer_seuils_classes_ipr_int()`	Gérer les limites de classes d'indices sur classe_ipr
`gg_histo_longueur()`	Produire l'histogramme de distribution des longueurs individuelles pour une opération de pêche
`gg_temp_abondance()`	Graphique de la série chronologique des abondances ou densités par espèce
`gg_temp_env()`	Produire le graphique de l'évolution temporelle de facteurs environnementaux moyens comparés entre les sites de présence et d'absence des espèces
`gg_temp_indic_div()`	Graphique de la série chronologique de métriques de diversité à l'échelle du peuplement sur une station ou un groupe de stations
`gg_temp_ipr()`	Graphique de la série chronologique des IPR
`gg_temp_ipr_pc_bon()`	Produire un graphique du pourcentage de stations en bon état au plan IPR sur un jeu de stations, en fonction de l'année
`gg_temp_metriq()`	Graphique de la série chronologique des IPR
`gg_temp_metriq_grille()`	Graphique de la série chronologique des métriques IPR sur une station ou un groupe de stations
`gg_temp_peuplement()`	Graphique pour représenter l'évolution des effectifs de taxons au cours du temps
`imp_corres_aspe_taxref()`	Importer une table de correspondance entre les codes espèces 3 lettres Aspe et leurs codes Taxref
`imp_extraire_date_fichier()`	Obtenir la date du dump SQL de la base Aspe
`imp_extraire_noms_tables()`	Extraire les noms des tables à partir des lignes du dump
`imp_extraire_noms_tables2()`	Extraire les noms des tables à partir des lignes du dump
`imp_importer_dump_sql()`	Importer le dump SQL de la base Aspe
`imp_scinder_dump()`	Scinder le dump en deux parties pour les traiter séparément et éviter de saturer la mémoire vive
`imp_tables_a_partir_des_lignes()`	Importer des tables à partir des lignes du dump de la base Aspe
`imp_trouver_index_fin()`	Trouver la ligne de fin qui correspond à une table désignée par sa ligne de début
`ip_completer_classes_couleur()`	Ajouter les codes couleurs aux classes IPR
`ipr_formater_pour_macro()`	Mettre les données nécessaires au calcul de l'IPR au format requis en entrée de la macro Excel de calcul de l'indice
`ipr_pivoter_1colonne_par_an()`	Convertir une table des IPR du format long au format large
`ipr_renommer_pour_macro()`	Sélectionner et nommer les colonnes au format requis en entrée de la macro Excel de calcul de l'indice
`mef_ajouter_abs()`	Ajouter à un dataframe de présences les lignes des absences (avec effectif et densité nuls)
`mef_ajouter_ambiance()`	Ajouter à la passerelle, quand le prélèvement élémentaire est une ambiance, ses données
`mef_ajouter_dept()`	Ajouter à la passerelle les numéros de départements.
`mef_ajouter_esp()`	Ajouter à un dataframe le code espèce à 3 lettres, son nom commun et scientifique
`mef_ajouter_groupe_points()`	Ajouter à la passerelle, quand le prélèvement élémentaire est un groupe de points, ses données
`mef_ajouter_intervenants()`	Ajouter à la passerelle les intervenants sur les opérations Ces intervenants sont l'opérateur, le commanditaire et le valideur
`mef_ajouter_ipr()`	Ajouter les notes IPR à une table passerelle
`mef_ajouter_libelle()`	Rajouter le libellé du site
`mef_ajouter_libelle_site()`	Rajouter le libellé du site
`mef_ajouter_lots()`	Ajouter les lots de poissons capturés à la passerelle
`mef_ajouter_mei()`	Ajouter les mesures individuelles à la passerelle
`mef_ajouter_metriques()`	Ajouter à une passerelle les métriques IPR observées, théoriques et leur contribution à l'indice IPR agrégé
`mef_ajouter_moyen_prospection()`	Ajouter à la passerelle le moyen de prospection
`mef_ajouter_objectif()`	Ajouter à la passerelle l'objectif de l'opération
`mef_ajouter_ope_date()`	Rajouter à la passerelle la date et l'année de chaque opération.
`mef_ajouter_ope_desc_peche()`	Rajouter à la passerelle les variables de description de la pêche pour chaque opération (quand disponible).
`mef_ajouter_ope_env()`	Rajouter les variables environnementales pour chaque opération à la passerelle (quand disponible)
`mef_ajouter_passage()`	Ajouter à la passerelle, quand le prélèvement élémentaire est un passage, le numéro de passage
`mef_ajouter_proba_presence_ipr()`	Ajouter à un dataframe les probabilités de présence des taxons IPR
`mef_ajouter_qualification()`	Ajouter à la passerelle la qualification de la donnée
`mef_ajouter_stats_taille()`	Ajouter les tailles (longueurs) mini, maxi, médiane et moyenne pour chaque espèce à chaque opération
`mef_ajouter_surf_calc()`	Rajouter la superficie échantillonnée calculée pour chaque opération à la passerelle
`mef_ajouter_type_longueur()`	Ajouter le type de longueur à la passerelle
`mef_ajouter_type_lot()`	Ajouter le type de lot à la passerelle
`mef_ajouter_type_materiel()`	Ajouter à la passerelle le type de matériel employé
`mef_ajouter_type_prelevement()`	Ajouter à la passerelle le type de prélèvement élémentaire
`mef_ajouter_type_protocole()`	Ajouter le type de protocole à la passerelle
`mef_ajouter_utilisateurs()`	Ajouter à la passerelle les utilisateurs sur les opérations
`mef_ajouter_validation()`	Ajouter à la passerelle l'a qualification de a donnée'état d'avancement de la saisie
`mef_colo_ext_pops()`	Formater le tableau des captures sur un ensemble de points
`mef_compter_pres_abs_env()`	Dénombrer le nb d'opérations avec chaque paramètre environnemental renseigné pour chacune des espèces
`mef_creer_passerelle()`	Création d'un tableau "passerelle"
`mef_filtrer_id()`	Filtrer les prélèvements
`mef_filtrer_nb_mini_annees()`	Filtrer un dataframe pour ne conserver que les objets présents un nombre minimum d'années
`mef_filtrer_ope_id()`	Filtrer les opérations de pêche
`mef_ipr_radar()`	Mettre un dataframe au format pour ls graphiques en radar.
`mef_pivoter_var_env()`	Pivoter le dataframe pour regrouper les variables environnementales sur 2 colonnes
`mef_recoder_esp_code_alt()`	Recodage des codes taxons 'esp_code_alternatif'
`mef_ssech_abs()`	Sous-échantillonner parmi les absences
`mef_ssech_esp_env()`	Sous-échantillonner le df environnement et occurrences
`misc_charger_donnees_test()`	Charger un extrait de la base Aspe qui permet d'effectuer des tests
`misc_derniere_date()`	Obtenir la date maxi saisie dans la base Aspe
`misc_nom_dernier_fichier()`	Obtenir le nom du plus récent des fichiers

Reference

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