Produire un graphique de synthèse de la dynamique d'une population sur une localité

Source: R/gg_dyn_esp.R

Représentation pour une espèce sur une station ou un point de prélèvement.

gg_dyn_esp(
  df,
  var_id_espece,
  var_id_station,
  espece_sel,
  station_sel = NULL,
  seuil = 0,
  graph_long_mediane = TRUE,
  graph_effectif = TRUE,
  graph_mois = TRUE
)

Arguments

df

Dataframe contenant les données, avec les variables permettant d'identifier l'espèce et la station/point, ainsi que "mei_taille", "ope_date", "mois" et "annee".

var_id_espece

Variable servant à identifier les espèces.

var_id_station

Variable servant à identifier les stations ou points.

espece_sel

Caractère. Espèce sélectionnée.

station_sel

Caractère. Point ou station sélectionné.

seuil

Numérique entre 0 et 1. Seuil de pourcentile pour exclure des histogrammes les rares individus de longueur extrême. Par défaut fixé à 0 donc toutes les observations sont conservées. S'il est fixé à 0.01, les 1% des longueurs les plus élevées sont exclus des histogrammes. Ces individus sont en revanche conservés sur les autres graphiques.

graph_long_mediane

Booléen. Afficher le diagramme des longueurs médianes ? Par défaut TRUE.

graph_effectif

Booléen. Afficher le diagramme des longueurs effectifs ? Par défaut TRUE.

graph_mois

Booléen. Afficher le diagramme du mois de prospection ? Par défaut TRUE.

Value

Le graphique ggplot2 avec les distributions en taille par année et l'évolution temporelle de la longueur médiane et des effectifs capturés.

Examples

if (FALSE) { # \dontrun{
# chargement packages
library(tidyverse)
library(aspe)

# chargement données
load("raw_data/aspe_mei.RData") # mesures individuelles
load("raw_data/aspe_sauf_mei.RData") # autres tables

# assemblage du dataframe
data <- mef_creer_passerelle() %>%
  mef_ajouter_lots() %>%
  mef_ajouter_esp() %>% # pour avoir les noms communs des espèces
  mef_ajouter_ope_date() %>% # pour avoir l'année et le mois
  mef_ajouter_libelle() %>%
  mef_ajouter_mei() %>%
  select(pop_libelle,
         annee,
         ope_date,
         esp_nom_commun,
         lop_effectif,
         mei_taille)

# graphique
gg_dyn_esp(df = data,
               var_id_espece = esp_nom_commun,
               var_id_station = pop_libelle,
               espece_sel = "Goujon commun",
               station_sel = "La Moder à Drusenheim")
} # }